Най-ранните следи от човешки живот в градските райони на Яйце са от Каменната ера. Останки от бронзовата и желязната епоха могат да се намерят наоколо.
Средновековната история на Яйце е свързана с Хръвое Вукшич Хърватинич, който през 1386 година е получил титлата конт ди Яйце (граф). Това е и първото споменаване на града. През средните векове Яйце е едно от най-големите и най-развити селища в Босна и Херцеговина. През 15-ти век града става важен икономически център на Западна Босна и политически център и столица на Босненската Държава.
Яйце става кралски град едва по време на царуването на Тврътко II. През 15-ти век, към края на Босненската държава, Яйце става резиденция на Босненските владетели. Там е коронясан последният Босненски крал, който живее в града две години и умира там през 1463.